Warszawska Kolej Dojazdowa sp. z o.o. z siedzibą w Grodzisku Mazowieckim została utworzona w dniu 22.12.2000 r. jako Spółka ze 100% udziałem PKP S.A. w kapitale zakładowym (do 13.08.2008 r. nazwa spółki brzmiała „PKP Warszawska Kolej Dojazdowa” sp. z o.o.). Działalność gospodarczą WKD rozpoczęła 1.07.2001 r. Był to pierwszy etap przekształceń własnościowych.
Wkrótce po przejęciu WKD przez PKP S.A. został ogłoszony przetarg na sprzedaż Spółki, który wygrało Konsorcjum Samorządowe. W skład Konsorcjum wchodziły: Samorząd Województwa Mazowieckiego, Urząd Miasta Stołecznego Warszawy (ostatecznie zrezygnował z objęcia swoich udziałów), Miasto Pruszków, Gmina Grodzisk Mazowiecki, Gmina Brwinów, Gmina Milanówek, Miasto Podkowa Leśna oraz Gmina Michałowice.
W dniu 27.09.2007 r. WKD stała się własnością samorządów lokalnych.
WKD wykonuje zadania przewoźnika kolejowego, świadcząc usługi przewozów pasażerskich dla osób zamieszkałych w południowo – zachodnim paśmie aglomeracji warszawskiej oraz zadania zarządcy infrastruktury kolejowej.
WKD zgodnie z obowiązującym rozkładem jazdy uruchamia 178 pociągów w dni robocze oraz 112 pociągów w soboty, niedziele i święta, przewożąc rocznie ok. 7 mln pasażerów.
Od momentu wyodrębnienia ze struktur PKP, WKD podjęła szereg działań mających na celu dostosowanie oferty przewozowej do potrzeb pasażerów, modernizacje torowisk i inwestowanie w najnowsze technologie (w tym tabor kolejowy), co pozwala zachować Warszawskiej Kolei Dojazdowej wysoki poziom obsługi pasażera.
Od początku działalności, Warszawska Kolej Dojazdowa kładzie nacisk na punktualność przewozów - zgodnie z danymi Urzędu Transportu Kolejowego wynika, iż Spółka jest najpunktualniejszym przewoźnikiem w kraju.